游戏主要分为三条线路。根据浮出的选项选择进入对应的路线。第一分支：沙耶问郁纪是否要变回正常人的时候。选【想变回去】，剧情将引向第一结局。选【已经不需要了】，剧情将引向第二分支。第二分支：耕司决定去郁纪家与他决斗前，打个电话。选【打给凉子】，...
游戏主要分为三条线路。根据浮出的选项选择进入对应的路线。
第一分支：沙耶问郁纪是否要变回正常人的时候。
选【想变回去】，剧情将引向第一结局。
选【已经不需要了】，剧情将引向第二分支。
第二分支：耕司决定去郁纪家与他决斗前，打个电话。
选【打给凉子】，剧情将引向第二结局。
选【打给郁纪】，剧情将引向第三结局。
结局一：精神院中的爱
当面临是否要恢复到原来生活的选择时，匂坂郁纪选择了“返回原来的生活”。这一决定意味着他希望摆脱当前的异常状态，回到看似正常的社会生活。沙耶为了满足郁纪的愿望，治愈了他的感官障碍，使他能够重新融入社会。然而，恢复正常生活的代价是巨大的——郁纪失去了与沙耶之间的特殊联系。在恢复后的世界里，郁纪发现自己难以适应所谓的“正常”生活，并且由于之前发生的事件（如邻居被杀），他最终被认定为精神有问题并送入了精神病院。
即使如此，郁纪仍然思念着沙耶。某夜，沙耶偷偷来到医院探望郁纪，两人通过手机交流。尽管沙耶担心自己现在的样子会让郁纪失望，但郁纪表达了对她的爱意，并打出了“我爱你”的信息。最终，两人互相告别，暗示着这可能是永别。
结局二：悲剧性的对决
在这个路线中，耕司与医生丹保凉子合作对抗沙耶。他们成功地用冷冻弹重创了沙耶，但随后郁纪出现并杀害了凉子，接着自己也选择了自杀。耕司目睹这一切后陷入疯狂，可能最终也会选择结束自己的生命。
此结局展示了所有角色几乎无一幸免的命运。它不仅仅是一个简单的失败结局，而是深入探讨了人性、恐惧以及面对不可理解事物时的心理反应。在这个结局中，没有明显的胜利者或幸存者，只有毁灭与虚无，象征着一种彻底的绝望感。
结局三：孢子的世界
户尾耕司前往调查并与变异形态下的遥和其他敌人战斗，最后面对BOSS沙耶。虽然耕司击败了一些对手，但他最终还是败给了强大的沙耶。之后，故事揭示了一个令人震惊的事实：沙耶与郁纪的孩子诞生了，伴随着这一新生的是全人类的灭亡或同化。医生丹保凉子也被感染，只是时间早晚的问题。
这个结局描绘了一个极端的情况，在这里，“爱”不仅超越了物种界限，而且导致了整个世界的改变。它强调了爱的力量可以强大到足以重塑现实本身，同时也呈现了一种末日景象下绝望而又奇异的爱情形式。